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什么是鸟枪法测序?

[时间:2019-11-08 06:40来源:未知作者:admin浏览:]

  “鸟枪法”是一种由生物基因组提取目的基因的方法。首先利用物理方法(如剪切力、超声波等)或酶化学方法(如限制性内切核酸酶)将生物细胞染色体DNA切割成为基因水平的许多片段,继而将这些片段与适当的载体结合,将重组DNA转入受体菌扩增,获得无性繁殖的基因文库,再结合筛选方法,六合图库彩图大全从众多的转化子菌株中选出含有某一基因的菌株,从中将重组的DNA分离、回收。 这种方法也就是应用基因工程技术分离目的基因,其特点是绕过直接分离基因的难关,在基因组DNA文库中筛选出目的基因。可以说这是利用“溜散弹射击”原理去“命中”某个基因。由于目的基因在整个基因组中太少太小,在相当程度上还得靠“碰运气”,所以人们称这个方法为“鸟枪法”或“散弹枪”实验法。定义 使用基因组中的随机产生的片段作为模板进行克隆的方法。 用途“鸟枪法”最初主要用于测定微生物基因组序列。近年来,美国塞莱拉公司先后利用改进的全基因组“鸟枪法”完成了果蝇和人类基因组的测序工作,证明了它在测定大基因组上的可行性和有效性。 大致步骤 1.使用限制性内切酶将带有目的基因的DNA链切成若干小段。 2.再使用DNA连接酶将其整合到载体的基因中,并使其表达。 3.如果在某个细胞中得到了目的产物,就说明整合到该细胞中的DNA片段就是所需要的DNA片段。“鸟枪法”优点是速度快,简单易行,成本较低。但用它来测序,最终排序结果的拼接组装不太容易。中国科学家设计出了一种序列组装软件,能有效克服“鸟枪法”全基因组测序组装过程中的困难。 在研究中,他们首先在整个水稻基因组上生成许多已知长度的DNA(脱氧核糖核酸)切片,然后使它们按DNA序列的重合区域进行排列。这些切片数量足以覆盖水稻基因组4次。科学家们接着确定每个切片的碱基对序列,并用计算机程序将其组装成更长的片段,然后将这些片段排序、装配成10万多个被称为支架的更大组件。 他们设计出的软件重点是通过支架水平上的接近来进行组装,并采取了独特的重复序列处理算法,可识别并暂时屏蔽占水稻基因组约40%的重复序列。这样做的好处是既能减少计算量,又最大限度降低了错误拼接的可能性。 美国珀杜大学植物遗传学家贝内特泽恩评价说,中国科学家的水稻基因组计划,“提供了一个有关鸟枪测序法速度和效率的极好范例”。

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